Bộ môn Nội được thành lập từ 1957
* Từ năm 1957 đến 1975: Bộ môn Nội thuộc Khoa Y-Viện Đại học Huế. Đội ngũ cán bộ giảng dạy gồm có 6 giảng viên, chưa có học hàm, học vị, bên cạnh đó còn có mời cán bộ giảng dạy ở Sài Gòn (Tp. HCM). Thời điểm này Bộ môn chỉ đào tạo bác sĩ đa khoa hệ chính quy và chưa có đào tạo Sau đại học, thực hiện một chức năng là đào tạo thuần tuý chuyên môn.
* Từ 1975 đến nay: Sau khi miền Nam hoàn toàn giải phóng, Bộ môn Nội bắt đầu ổn định lại nhân sự và thực hiện công tác đào tạo và điều trị ổn định.
Trong giai đoạn từ năm 1975 đến 1980, đội ngũ cán bộ giảng dạy vẫn còn ít, tuy chỉ có 10 cán bộ, nhưng tập thể Bộ môn đã vượt qua khó khăn chung để làm tốt công tác giảng dạy và tích cực tham gia các phong trào lao động xã hội như Nam Thạch Hãn, Nam Sông Hương, Cồn Tiên, Dốc Miếu, Nam Đông...
Từ năm 1981 đến năm 1989, công tác chuyên môn đã có sự khởi sắc. Đây là giai đoạn thành lập Học viện Y Huế (sự kết hợp giữa trường và viện); đội ngũ cán bộ trong Bộ môn được tăng cường và cũng bắt đầu hướng chuyên khoa hoá cho cán bộ giảng dạy. Trong giai đoạn này, mỗi một cán bộ giảng dạy vừa đảm trách công tác giảng dạy vừa tham gia công tác điều trị tại Bệnh viện, trong đó có một số cán bộ làm công tác kiêm nhiệm (Trưởng Khoa, Phó Khoa tại Bệnh viện). Thực hiện theo thông tư Liên Bộ (06) hợp tác giữa Trường và Viện, toàn thể cán bộ Bộ môn đã có tinh thần đoàn kết với các thành viên khoa bạn ở Bệnh viện để công tác điều trị và giảng dạy phát triển tốt.
Cán bộ giảng dạy bắt đầu được đi học chuyên khoa I tại Hà Nội, một số cán bộ đi tu nghiệp tại Cộng hoà Pháp, và đây cũng là giai đoạn nhà trường bắt đầu đào tạo thêm hệ chuyên tu tuyến y tế cơ sở - lớp đầu tiên này sau khi tốt nghiệp đã trở thành những cán bộ chủ chốt của các cơ sở y tế tại miền Trung.
Từ năm 1990 đến 1995 là thời kỳ đổi mới của đất nước; Bộ môn Nội cũng đã có những bước chuyển mình khá rõ rệt: CBGD đã thực sự được chuyên khoa hoá. Bộ môn đã được phân thành 8 phân khoa thuộc Bộ môn. Số lượng sinh viên tăng lên đáng kể; cùng với thời gian này Bộ môn đã bắt đầu đào tạo Chuyên khoa cấp I, Bác sĩ Nội trú Bệnh viện.
Từ 1995 đến nay, là giai đoạn phát triển mạnh về kinh tế xã hội và khoa học; bắt đầu có nhiều hình thức đào tạo đại học như hệ chính quy và hệ liên thông (Bác sĩ đa khoa 6 năm, Răng hàm mặt, Y học dự phòng, Y học cổ tuyền, Dược sĩ, Cử nhân điều dưỡng, Cử nhân kỹ thuật y học, Bác sĩ đa khoa 4 năm…), và Sau Đại học như Chuyên khoa cấp I và Chuyên khoa cấp II (Nội khoa, Nội Tim mạch, Nội Thần kinh, Nội Tiêu hóa, Nội tiết, Lão khoa, Nội Thận – Tiết niệu), Bác sĩ Nội trú Bệnh viện, Thạc sĩ và cả Nghiên cứu sinh. Riêng CKI, CKII ngoài đào tạo tại Huế còn có đào tạo tại các tỉnh khác như Hà Tĩnh, Khánh Hòa, Đà Nẵng, Quảng Bình, Bình Định, Phú Yên, Bến Tre, Trà Vinh, Bình Phước, TP Hồ Chí Minh, Cần Thơ…